01泌尿外科
医院泌尿外科暨北京大学泌尿外科研究所是新中国泌尿外科事业的发源地和先行者。本学科于年建立专业，年建所，创始人均为吴阶平院士。年起至今，本学科一直为高教部、教育部国家重点学科，也是医院重点支持的学科和中央保健基地的组成部分。
年，本学科被评为卫生部临床重点学科和北京市重点实验室。年起，本学科在复旦大学发布的《医院排行榜》连续七年位列本专科首位。
02肾脏病科
医院肾脏内科是由我国肾脏病事业的奠基人-王叔咸教授在50年代建立的全国第一个肾脏病专业和博士点。近30年来，在王海燕教授带领下，医院肾脏内科不断发展壮大，于年成立北京大学肾脏病研究所和卫生部肾脏疾病重点实验室。
本学科先后于年和年被评为北京市重点学科及教育部国家重点学科，年入选教育部创新团队计划，年获得国家自然科学基金委创新群体，在国内外享有较高声誉。
03皮肤科
医院皮肤性病成立于年，医院第一批成立的科室，迄今已有百年历史，其间名家辈出，是中国现代西医皮肤科的引领力量之一。
年经教育部批准成为国家重点学科后，学科建设更是面临前所未有的发展机遇，全体同仁齐心协力，奋力拼搏，在学科建设、团队建设、人才培养、科学研究、学术交流及条件建设等方面都取得了令人瞩目的成绩，已成为名符其实的国内一流、国际接轨的皮肤性病学医疗、教学与研究基地。
04全科医学科
在新时期国家建立分级诊疗制度的背景下，医院于年5月8日成立全科医学科，响应国家号召、服务于社会、服务于百姓。目前全科医学科在全科医疗、人才培养和科学研究等方面都取得了迅猛发展。
作为我国全科医学领医院全科医学科室之一，科室始终将学科发展与祖国医疗卫生事业需要紧密结合，致力于探索具有中国特色的全科医学发展模式、培养具有较高综合能力的复合型全科医学人才。全科医学科主要职能是开展全科医学相关诊疗工作，承担全科医学教学、培训和科研工作，培养全科医学人才。
05小儿内科
医院儿科成立于建院初期，年建立独立的儿科病房，年在国内率先成立小儿科学教室(儿科教研室)，按西方现代儿科模式开展儿科医教研工作，年1月开始实行24小时住院医师制度及规范的医师培训制度，从而成为我国最早建立起来的现代儿科之一。
经过几代人的探索、建设，目前已成为基础扎实、梯队健全、技术力量雄厚、医教研全面发展的学科。儿科是国家首批建立的博士点和博士后流动站、“工程”重点学科的组成部分，连续被评为国家重点学科，是国家级继续教育基地、卫生部专科医师培训基地及儿科遗传性疾病分子诊断与研究北京市重点实验室。年儿科重症专业获批卫生部儿科国家临床重点专科。
年成为第二批北京市级妇幼保健专科(儿童营养专科)示范单位。年获批中国脊髓性肌萎缩症诊治中心联盟牵头单位之一，中国儿童心血管专科联盟、中国儿童晕厥中心、北京市新生儿先天性心脏病筛查机构及诊断机构。年评为第一批全医院和全国儿童实体肿瘤诊疗协作组北京协作组牵头单位。
06传染感染科
医院感染疾病科始建于年，是国家感染病临床重点专科建设学科，国家肝病药物临床试验基地，国家传染病继续教育基地，北京市内科(传染病)重点学科。年成立“医院肝病中心”。门诊包括肝病和感染病门诊、发热门诊和肠道门诊等。其中肝病和感染病门诊每日至少有两位专家出诊。
科室拥有人工肝治疗室，胃镜室、B超诊断室、病毒实验室等。收治疑难重症病毒性肝炎和肝病，新发和突发传染病公共卫生应急，各种疑难重症感染性疾病救治，不明原因发热诊断等。主持多项国家“十一五”、“十二五”和“十三五”传染病重大专项课题、国家自然科学基金课题、北京市科委项目等。
07心血管病科
医院心内科是全国知名的心血管病专科，同时是北京大学心血管病临床研究所，以介入性心脏病学为龙头，医疗、教学、科研全面发展，在冠心病及心律失常的介入诊断和治疗等多方面均居国内领先地位。
心内科有两个专业病房、一个监护室，共有床位97张(其中监护室有床位12张)。下辖心导管室、超声心动图室、心电图室、动态心电图及动态血压检查室、运动心电和心肺功能检查室、临床电生理检查室等。现有职工人，其中医生34人(正高级职称9人、副高级职称13人、中级职称6人、初级职称6人)、科研人员1人、技术人员8人、护士66人。
08临床药学科
医院临床药理研究所，又称北京大学临床药理研究所成立于年，是我国第一个临床药理研究所，由我国著名的临床药理学家李家泰教授担任所长。年卫生部在研究所建立临床药理基地，同年被指定为卫生部临床药理培训中心。年国家科委、卫生部和国家医药管理局共同在北京大学临床药理研究所筹建国家抗感染新药临床试验研究中心。
年12月22日国家科技部生命发展中心组织专家组考核通过验收，确定为“国家新药(抗感染药)临床试验研究中心”。年初经国家药品监督管理局论证确定为“国家药品临床研究基地”(抗感染药物)和“国家临床药理与GCP培训中心”。年通过国家药品监督管理局、卫生部的药物临床研究机构复审。多年来，药理所与北京大学药理学系一直共同申报，成为教育部重点学科。年与医院感染疾病科联合成为卫生计生委重点建设专业科室。
